El Hospital Santo Tomás ha sido reconocido desde su fundación como Hospital Docente y así se acredita como tal desde 1985 por el Consejo Técnico de Salud ya tipificado en la Ley N°4 del 10 de abril de 2000, artículo 19. Tal y como se establece en la misión general del Hospital. El Hospital Santo Tomás es un pilar de la Docencia en el país y cumple además funciones de investigación. Por ello siempre vamos trabajando en beneficio de los médicos que escogen realizar sus especialidades con nosotros.

Nuestra misión es administrar la docencia del Hospital y fomentar la investigación en la salud, para lo cual apoya y coordina las actividades docentes y de formación especializada que se llevan a cabo dentro de la institución y con otras instituciones nacionales e internacionales, con el propósito de formar y capacitar recurso humano para proporcionar atención medica de la más alta calidad.

Fortaleciendo los programas de Residencias, seguimos realizando el Concursos Nacional de Residencias en nuestra institución, en conjunto con el MINSA y la  CSS.  Con la participaron alrededor de 400 médicos para concursar por las diferentes plazas a nivel nacional. Además se crearon dos nuevos programas de Residencia: Urgencias y Cirugía Maxilofacial. Contamos con Diecisiete (17) especialidades o Maestrías Clínicas, y Seis (6) Subespecialidades o Doctorados Clínicos.