El Hospital Santo Tomás ha sido reconocido desde su fundación como Hospital Docente y así se acredita como tal desde 1985 por el Consejo Técnico de Salud ya tipificado en la Ley N°4 del 10 de abril de 2000, artículo 19. Tal y como se establece en la misión general del Hospital. El Hospital Santo Tomás es un pilar de la Docencia en el país y cumple además funciones de investigación. Por ello siempre vamos trabajando en beneficio de los médicos que escogen realizar sus especialidades con nosotros.

Nuestra misión es administrar la docencia del Hospital y fomentar la investigación en la salud, para lo cual apoya y coordina las actividades docentes y de formación especializada que se llevan a cabo dentro de la institución y con otras instituciones nacionales e internacionales, con el propósito de formar y capacitar recurso humano para proporcionar atención medica de la más alta calidad.

El objetivo principal es ser líderes en la formación y capacitación de recursos humanos que proporcionen atención médica profesional de la más alta calidad humana, científica y técnica conforme a los recursos financieros y técnicos disponibles.